《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》于2020年1月1日正式实施。《行政协议规定》第26条规定：“行政协议约定仲裁条款的，人民法院应当确认该条款无效，但法律、行政法规或者我国缔结、参加的国际条约另有规定的除外。”根据《中华人民共和国行政诉讼法》第12条第11项的规定，相对人对行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议提起诉讼的，属于行政诉讼的受案范围，人民法院应当立案受理。由此可见包括政府特许经营协议在内的一系列行政协议纠纷已纳入行政诉讼的受案范围，但此时值得探讨的是协议双方是否仍可按法律相关规定在此类协议中约定仲裁条款来解决纠纷。

一、正确理解《行政协议规定》第26条

关于该条理解的理论争议：学界对于此问题主要有两种不同的主张，一种是认为行政诉讼与仲裁是可以并存的。另一种观点认为对于行政协议纠纷，诉讼和仲裁途径只能二选一，因为《行政诉讼法》中已经明文规定政府特许经营协议等行政协议应通过诉讼的方式解决。

《行政协议规定》第 26 条其实包含两层含义：一是在正常情况下，人民法院对行政协议中约定的仲裁条款应当确认无效；二是如果行政协议约定了仲裁条款，在法律、行政法规、我国缔结或参加的国际条约另有规定时，仲裁条款有效。

根据《仲裁法》第2条及第3条第2项的规定，除了依法应当由行政机关处理的行政争议不得仲裁外，平等主体之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷可以仲裁。仲裁机构属于民间机构，仲裁制度的产生是为了解决民、商事合同纠纷和其他财产权益纠纷，其适用的主体为平等主体之间的自然人、法人或者其他组织。而行政协议是行政机关和行政相对人之间为实现行政管理目的而协商订立的，因此合同的一方必然是享有公权力的行政机关。在陈品竹、蒋建清诉青田县政府房屋征收工作办公室确认行政协议无效一案中，二审法院认为，被诉房屋征收补偿协议系具有行政法上权利义务内容的协议，属于行政协议。同时指出行政协议不在《仲裁法》第2条的调整范围中，上诉人起诉依法不受协议约定仲裁条款约束。

关于第二层含义，行政机关缔结行政协议与作出一般的行政行为，只是手段不同而已，本质上也是行使行政职权的手段。契约自由是签订契约的一个基本原则，也是合同签订的基本前提，虽然从行政协议的性质来看，以行政行为为中心的权利保护程序和权利保护模式并不适合行政契约。但是，行政契约是行政活动的一种形式，因此，行政契约的缔结和解除，也理应包括通过仲裁方式解决相关争议，与其他的行为形式一样，只要确保程序的公正性和透明性即可。

因此，对于行政协议纠纷的解决方式不应绝对地排斥仲裁，正如行政案件原则上不能适用调解一样，但是在例外情况下也是可以采用的。仲裁可分为多种类型，不仅有民商事仲裁，也有行政仲裁、人事仲裁等。

二、《行政协议规定》第26条的正确适用

司法实务中，在适用《行政协议规定》第 26 条时应当注意：对2015 年5月1日之前签订的拆迁补偿协议中约定的仲裁条款，应当认定有效，且排除法院的管辖权。

2016年3月9日，钱旭初以江苏省丹阳市人民政府、江苏省丹阳市人民政府征收办公室为被告向法院起诉称：2012年12月28日，丹阳市人民政府作出对丹阳市云阳镇人民电影院片区房屋征收的决定，由丹阳市征收办负责实施。丹阳市征收办通过威胁、恐吓等各种手段，并承诺如钱旭初找到房屋建成年代的相关证据后，会对钱旭初房屋重新补偿安置，钱旭初被迫签订了《房屋征收补偿协议》。后钱旭初找到房屋建成年代的相关证据，但丹阳市征收办不履行承诺。钱旭初申请仲裁，镇江仲裁委员会2016年1月作出（2014）镇裁字第148号裁决书，被告知通过行政诉讼维权。于是钱旭初向法院起诉请求宣告双方签订的《房屋征收补偿协议》中“90 年后未经登记建筑面积 617.24 平方米”条款内容违法，请求变更该条款为“其中 241.92 平方米系 1984 年前建筑，其余 375.32 平方米为 90 年后的建筑”；同时请求判决丹阳市人民政府、丹阳市征收办对钱旭初依法进行安置，在诉讼期间丹阳市人民政府、丹阳市征收办置换房屋不得出售或安置他人。

一审法院认为，2013 年 10 月，钱旭初已与丹阳市征收办签订了《房屋征收补偿协议》，根据双方约定的仲裁条款于 2014 年向镇江仲裁委员会申请仲裁，故就该协议引发的纠纷不能再提起诉讼。而《行诉若干问题解释》于 2015 年 5 月 1 日施行，根据该解释第26条的规定，钱旭初也不能对 2013 年签订的拆迁协议提起行政诉讼。综上一审法院遂裁定不予立案。

二审法院认为钱旭初提起的诉讼不属于人民法院的受案范围和受诉人民法院管辖。本案中，钱旭初已与丹阳市征收办于2013年10月签订了《房屋征收补偿协议》。因该协议签订于2015年5月1日前，故其就该协议内容提起本案行政诉讼，不属于行政诉讼的受案范围。一审法院裁定对钱旭初的起诉不予立案，并无不当。遂裁定驳回钱旭初的上诉。

钱旭初仍不服，向最高人民法院提出再审申请，请求依法撤销一、二审行政裁定。最高人民法院认为，本案的争议焦点是钱旭初的起诉是否属于行政诉讼的受案范围。本案中，钱旭初已与丹阳市征收办于2013年10月签订了《房屋征收补偿协议》，双方并约定了仲裁条款。虽然修改后的《中华人民共和国行政诉讼法》将土地房屋征收补偿协议纳入行政诉讼受案范围，但该法于 2015 年 5 月 1 日实施，而涉案协议签订于 2015 年 5 月 1 日前，通常按民事协议对待，故钱旭初就该协议纠纷提起本案诉讼，不属于行政诉讼的受案范围。且根据《仲裁法》第2条的规定，平等主体之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷可以进行仲裁。因此，当事人双方约定就民事争议进行仲裁的，应当有效。原审裁定并无不当，遂裁定驳回钱旭初的再审申请。